Fach- und Arztinfo

Im Gendiagnostiklabor des FBREK-Zentrums wird die molekulargenetische Untersuchung folgender Gene angeboten:

Kerngene*:
ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, PALB2, RAD51C, RAD51D, TP53

Wissenschaftliche und klinisch relevante Gene:
MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, PTEN

Basisdiagnostik

1. Multigenanalyse (Volltestung mit TruRisk®-Panel)
   Indikation: Vorliegen der Einschlusskriterien für eine Testung bei V. a. Familiären Brust- und Eierstockkrebs
   Material: 5-10 ml EDTA-Blut
   Methoden: DNA-Extraktion, Sequenzierung (TruRisk®-Panel-v2), Analyse von Copy Number Variations
   Dauer: 4-6 Wochen
2. Prädiktive Testung (gezielteTestung)
   Indikation: Vorliegen einer bekannten Klasse 4/Klasse 5 -Mutation in der Familie
   Material: 5 ml EDTA-Blut
   Methoden: DNA-Extraktion, Sanger-Sequenzierung, MLPA
   Dauer: 3-4 Wochen

* Auf Vorschlag des Deutschen Konsortiums Familiärer Brust- und Eierstockkrebs (http://www.konsortium-familiaerer-brustkrebs.de/), Stand 07/2021  

Qualitätssicherung

Klinisch relevante Genvarianten sowie Ergebnisse aus prädiktiven Untersuchungen werden routinemäßig mit einer zweiten, unabhängigen Blutprobe überprüft.

Recall-System

Das Expertengremium des Deutschen Konsortiums für Familiären Brust- und Eierstockkrebs (sog. VUS-Taskforce) führt regelmäßig eine Überprüfung der Bewertung von Sequenzvarianten durch. Änderungen in der Pathogenitätseinschätzung der Sequenzvarianten werden an die einzelnen Zentren weitergeleitet, sodass betroffene Familien informiert werden können (Recall).

Ansprechpartner: Dr. rer. nat. Eva Groß Tel (089) 4400 74775
Bereichsleitung Gendiagnostiklabor

Qualitätskriterien für die NGS-basierte Multigenanalyse

Für die Kerngene bieten wir folgende Qualitätskriterien

• Mittlere Sequenzierqualität (Q-Score) > 30 (dh. 99.9% Base Call Genauigkeit)
• Sequenziertiefe von mindestens 30 Sequenzen pro Base in den Zielregionen (Bereiche, die mit geringerer Tiefe abgedeckt sind, werden mittels Sanger-Sequenzierung überprüft)

Limitierungen

• Mittelgroße Deletionen oder Duplikationen können technisch bedingt nicht immer verlässlich erkannt werden
• Die Untersuchung von Genen mit bekannten Pseudogenen bzw. homologen Regionen ist aus technischen Gründen limitiert (z.B. CHEK2, PMS2)
• Mutationen in regulatorischen Bereichen oder epigenetische Veränderungen werden mit dem verwendeten Panel nicht erfasst

Variantenklassifizierung

Keimbahn-Sequenzvarianten werden nach den Bewertungskriterien des Deutschen Konsortiums für Familiären Brust- und Eierstockkrebs klassifiziert:

Wappenschmidt et al. Geburtsh Frauenheilk 2020; 80: 410–429

Weitere Informationen entnehmen sie bitte dem Primärprobenhandbuch: Primärprobenhandbuch