Im LMU Klinikum gibt es je eine Krankenhausapotheke am Campus Großhadern sowie am Campus Innenstadt. Mit 61 Mitarbeitern, davon 16 Apothekerstellen, leisten die Krankenhausapotheken einen zentralen Beitrag zur bestmöglichen Versorgung aller  Patientinnen und Patienten. 

Gemeinsam versorgen sie zirka 2.428 Betten in Einrichtungen aller klinischen Disziplinen, von der Augen- bis zur Zahnklinik. Dennoch bleiben sie oft unbemerkt, da sie nur die Stationen des Krankenhauses und nicht die Patientinnen und Patienten direkt beliefern.

Zusätzlich werden auch Einheiten ohne Betten wie alle Funktionsbereiche, Laboratorien und Drittmittel-Forschungsstellen des LMU Klinikums von den Apotheken versorgt.