Molekulargenetik
Leitung: Dr. hum. biol. Annika Dufour, Dr. Maja Rothenberg-Thurley
Leitung von ärztlicher Seite: Prof. Dr. med. Karsten Spiekermann, Prof. Dr. med. Tobias Herold
weitere Mitarbeiter:innen: Tanja Kröll, Gudrun Mellert, Jil Römer, Yvonne Zimmermann
Molekulargenetische Analysen sind heute ein unverzichtbarer Bestandteil in der Diagnostik, Risikostratifizierung und Therapieentscheidung hämatologischer Neoplasien.
Im Krankheitsverlauf ermöglicht die molekulare Quantifizierung von minimaler/messbarer Resterkrankung (MRD) ein sensitives und spezifisches Monitoring und somit eine hochpräzise Therapiesteuerung.
Unser Methodenspektrum
- Qualitative und quantitative PCR
- Fragmentanalyse und Schmelzkurvenanalysen
- Klassische Sanger Sequenzierung
- NGS basierte Genepanel Analyse
Zielregion der Panel Sequenzierung (PDF)
Unser Leistungsspektrum
- Bestimmung des FLT3 (ITD und TKD) und NPM1 Mutationsstatus innerhalb von 72 Stunden (Schnelldiagnostik)
- Bestimmung aller weiteren klinisch relevanten Marker mittels NGS basiertem Genepanel (WHO, ELN)
- CEBPA Screening mittels Sanger Sequenzierung (WHO, ELN)
- Screening auf KMT2A-partielle Tandem Duplikationen (PTD) (MRC)
- Quantifizierung von Fusionsgenen und Expression des aberranten NPM1 Gens (Typ A, B, D)
- Bestimmung aller klinisch relevanten Marker mittels NGS basiertem Genepanel (WHO)
- Stufendiagnostik: Bestimmung von BCR-ABL1 (CML)
- Bestimmung aller weiteren klinisch relevanten Marker mittels NGS basiertem Genepanel (u.a. JAK2, CALR und MPL)
- Bei chronisch myeloische Leukämie (CML): MRD Diagnostik nach EUTOS (Cross et al., Leukemia 2012 , Cross et al., Leukemia 2015)
- Stufendiagnostik: Bestimmung von BCR-ABL1 (CML)
- Bestimmung aller weiteren klinisch relevanten Marker mittels NGS basiertem Genepanel
- Bestimmung von BCR-ABL1
Weiterführende Information
Die NGS basierte Genepanel Analyse führen wir bei myeloischen Neoplasien durch.
Mit der Genepanel Analyse identifizieren wir zielgerichtet rekurrente molekulare Alterationen in bekannten Zielgenen. Die NGS basierte Technik erlaubt uns die parallele Analyse mehrere Zielgene. Dementsprechend analysieren und berichten wir Ihnen alle klinisch relevanten Marker gemäß den Vorgaben nach WHO, ELN oder MRC etc., aber auch Varianten darüber hinaus; wie z.B. Mutationen in dem Gen IDH1.
Genaue Angaben zu den genomischen Regionen aller mit unserem Panel analysierten Genabschnitte können wir Ihnen auf Nachfrage hin zur Verfügung stellen.
Ausgangsmaterial ist genomische DNA. Es folgt die Amplifizierung der Zielregionen (kodierender Bereich und konservierte Spleißregionen) mittels einer Amplikon-basierter Technik (Haloplex, Agilent Technologies) und anschließender Sequenzierung auf dem MiSeq Personal Sequencer (Illumina).
Durch eine in-house Analyse auf der Biomedical Genomics Workbench (Version 5.0.1, Qiagen), Referenzgenom NCBI GRCh37 (hg19), Datenbanken: COSMIC, ExAC, dbSNP, ClinVar, in-silico Algorithmen, Variantenbeschreibung erfolgt nach HGVS Nomenklatur (Dunnen et al. Hum. Mutat. 25: 37: 564-569, 2016).
Es werden 98% der Zielregion mit ≥250-facher Lesetiefe abgedeckt (Jennings et al. 2017, JMD: PMID: 28341590). Berichtet werden Varianten mit einer Allelfrequenz ≥5% und bekannte Hotspot Varianten ≥3%. Die Analyse auf CEBPA Varianten erfolgt zusätzlich mittels Sanger Sequenzierung.
Klasse 1: Varianten mit starker klinischer (therapeutisch, prognostisch und diagnostisch) Signifikanz.
Klasse 2: Varianten mit wahrscheinlich klinischer Signifikanz.
Klasse 3: Varianten mit unklarer klinischer Signifikanz.
Klasse 4: Benigne oder wahrscheinlich benigne Varianten werden NICHT im Befund aufgeführt
Molekulare Untersuchungen bei Lymphatische Neoplasien wie Chronisch lymphatische Leukämie (CLL), Lymphome, Haarzellleukämie, Morbus Waldenström erfolgen in Zusammenarbeit mit einem externen Labor.
Stand: 7. Juli 2022; inhaltlich verantwortlich: Prof. Dr. med. Karsten Spiekermann